Mặc dù Hoàng Sào đã bị tiêu diệt, song Tần Tông Quyền vẫn tiếp tục đem quân tiếp tục cướp phá các quân lân cận, và đến năm 885 thì xưng đế. Đường Hi Tông bổ nhiệm Thì Phổ là 'Thái châu tứ diện hành doanh binh mã đô thống'. (Mặc dù Thì Phổ là đô thống song sử liệu phần lớn chỉ mô tả các trận chiến giữa Chu Toàn Trung với Tần Tông Quyền.)[6][7]

Năm 887, Hoài Nam[chú 13] xảy ra chiến sự, một số phe nhóm[chú 14] tranh giành quyền kiểm soát quân này, triều định đã bổ nhiệm Chu Toàn Trung kiêm chức Hoài Nam tiết độ sứ để bình định khu vực. Chu Toàn Trung bổ nhiệm Dương Hành Mật[chú 15] là Hoài Nam tiết độ phó sứ, và bổ nhiệm Tuyên Vũ hành quân tư mã Lý Phan (李璠) là Hoài Nam lưu hậu. Chu Toàn Trung viết thư cho Thì Phổ, yêu cầu cho Lý Phan đi qua Cảm Hóa trên đường đến Hoài Nam, song Thì Phổ bực tức trước việc chức tiết độ sứ Hoài Nam về tay Chu Toàn Trung trong khi bản thân có thâm niên hơn. Khi Lý Phan đến Tứ châu[chú 16] thuộc Cảm Hóa, Thì Phổ đã tiến hành phục kích, song nhờ người hộ tống là nha tướng Quách Ngôn (郭言) lực chiến nên Lý Phan đã chạy thoát. Từ thời điểm đó, kình địch giữa Tuyên Vũ và Cảm Hóa bùng phát thành chiến tranh. (Chu Toàn Trung cuối cùng đã không thể kiểm soát được Hoài Nam do Dương Hành Mật đối kháng và Thì Phổ can thiệp.)[7]

Vào mùa xuân năm 888, triều đình đã cho Chu Toàn Trung thay thế chức đô thống chống Tần Tông Quyền của Thì Phổ, Tần Tông Quyền sau đó bị thủ hạ bắt giữ và đầu hàng Chu Toàn Trung.[7] Điều này càng khiến quan hệ giữa Chu Toàn Trung và Thì Phổ trở nên xấu đi.[3]